Pada bulan Mac 1976, pemimpin UDT Lopes da Cruz melaporkan bahwa 60,000 orang Timor telah tewas selama serangan ini berlangsung,[28] maklumat statistik ini turut disahihkan sebuah delegasi pekerja bantuan Indonesia setuju dengan ini.[29] Dalam sebuah wawancara pada tanggal 5 April 1977 dengan Sydney Morning Herald, Menteri Luar Negeri Indonesia Adam Malik mengatakan jumlah korban tewas adalah "50.000 orang atau mungkin 80.000".[30] Seorang tokoh menyebut korban sebanyak 100.000 yang dikutip oleh McDonald (1980) dan oleh Taylor. Amnesty International memperkirakan bahwa sepertiga penduduk Timor Timur, atau 200.000 total, meninggal karena aksi pihak, kelaparan dan penyakit dari tahun 1975 sampai 1999. Pada tahun 1979 US Agency for International Development memperkirakan bahwa 300,000 orang Timor Timur telah pindah ke kamp-kamp yang dikuasai oleh angkatan bersenjata Indonesia.[31]

Suruhanjaya PBB untuk Penerimaan, Kebenaran dan Rekonsiliasi di Timor Timur memperkirakan jumlah kematian selama pendudukan juga kelaparan dan kekerasan menjadi sekitar 90,800 hingga 202,600 orang termasuk antara 17,600 sampai 19,600 orang terkorban akibat kekerasan atau penghilangan, dari populasi penduduk setempat sekitar 823,386 orang pada tahun 1999. Komisi kebenaran diselengarakan untuk pasukan Indonesia yang bertanggung jawab atas sekitar 70% pembunuhan dan kekerasan yang sudah dilakukan.[32][33][34]